建议将纳税人退税申请期限的起算点规定为“知道或者应当知道多缴税款之日”，将纳税人申请退税的期限进一步延长，建议统筹协调各税收实体法关于退税的规定。
现行税收征管法第五十一条规定，纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还;纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息。税收征管法修订草案(征求意见稿)第八十五条对本条作了修改，笔者认为，应针对一些问题作进一步明确和细化。
笔者注意到一个典型税务司法审判案例即刘某秀申请退税案，就涉及退税申请期限的问题。纳税人已将税款缴纳入库，但后期发生诉讼，超过三年后才确定本身属于无须缴纳税款的情况，然后向税务机关申请退回多缴税款。此时按照第五十一条的规定，以“结算缴纳税款之日”作为退税申请期限的起算点，从税款缴纳入库至退税申请之日已超过三年而无法退税，这对保障和维护当事人合法权益显然是不利的。
对于税务机关发现纳税人多缴税款的，税收征管法第五十一条的规定为“税务机关发现后应当立即退还”，并没有规定加算退税利息以及可予退还税款的期限，这也使得税务机关在办理相关退税案件时缺少明确的操作依据。在实践中也有司法判例对此项规定进行了突破。例如，在某轮胎公司退税案中，人民法院以多缴税款系由税务机关发现为由，判决税务机关退回累计十三年的税款，并按照办理退税手续当天中国人民银行规定的活期存款利率计算退税利息。该案判决后也引起了不少争论，以判决结果是否合法合理为主要争论焦点。
基于当前对税收征管法第五十一条关于多缴税款退税规定所存在的问题和争议，笔者建议作如下修改。
一是建议将纳税人退税申请期限的起算点规定为“知道或者应当知道多缴税款之日”。民法典作为市场经济的基本法，其第一百八十八条第二款规定，“诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。”虽然退税申请并非民事诉讼，但二者有相似之处，即均涉及对当事人权利的保护以及行权可能性的考量，税法不妨借用这个规定。假设税款已缴纳入库，而后期又发生诉讼、销售退回等情形，若可确定本身无须缴纳税款，则可将诉讼裁决生效时、销售退回完成时等时点作为纳税人“知道或者应当知道多缴税款”的时点来计算申请退税的期限，而非以税收征管法第五十一条及征求意见稿第八十五条规定的“自结算缴纳税款之日起”计算。这样，不仅可以有效衔接税法与民法典在期间制度上的规定，更加充分地保障纳税人合理诉求的权益;而且，即使法律条款不出现“自结算缴纳税款之日起”的字样，也不影响退税金额和加算利息仍以结算缴纳税款之日起计算。
二是建议进一步延长纳税人申请退税的期限。税收征管法第五十一条规定了三年的申请期限，征求意见稿第八十五条改为五年的申请期限。一方面，虽然民法典第一百八十八条第一款规定的诉讼时效期间为三年，但多缴税款申请退税与向人民法院请求民事权利的保护存在着本质不同，设定一个比私法规定更久的期限较为合理;另一方面，税收征管法实施细则规定，企业的账簿资料保存期限为十年，税务机关对关联交易的调整期限最长也为十年。鉴于此，笔者建议，从更大限度保护纳税人合法权益的角度出发，不妨考虑将多缴税款申请退税期限延长至十年。
三是建议对于税务机关发现纳税人多缴税款时的处理改为“税务机关发现后应及时通知其核实情况”。本着还权还责于纳税人的原则，建议改变现行“税务机关发现后应当立即退还”的要求，即税务机关在发现多缴税款后的一定合理期限内告知纳税人，通知其核实情况，并以税务机关通知送达之日与纳税人知道或者应当知道多缴税款之日孰先原则来确定退税申请期限的起算点。如此，申请或不申请退税的权利就与纳税人自行发现的情况相同，统一基于纳税人的选择。征求意见稿删除了税务机关发现多缴的处理情形，保留了纳税人发现并自行申请退税的一种情形。这种删改是为了减少不同处理的争议，但需要注意的是，很可能会出现新的问题，即如果纳税人未发现自己多缴但税务机关已经发现的，税务机关即使不及时告知也并不违反法律规定，这自然不利于保护多缴税款人的合法权益。
四是建议继续区分多缴税款由谁发现。现行税收征管法第五十一条对发现纳税人出现超过应纳税额缴纳税款的情形，区分为两种，其所规定的两种处理方式有很大差别，即：纳税人发现的，适用三年申请期限并加算利息;税务机关发现的，未规定退税期限，也未规定加算利息。笔者认为，如果税务机关发现后及时通知纳税人核实情况，申请或不申请退税由纳税人自行决定，且有十年期限，则可以解决可予退还税款期限不明问题。另外，从公平的角度，不论是税务机关发现还是纳税人发现的，税务机关在退税时均应加算利息。规定为统一的申请期限和退税利息计算方式后，不但有利于保护当事人的合法权益，还有利于解决目前税务机关发现的多缴税款没有退税期限、是否加退利息缺少操作依据的问题。
五是建议在有关法律条款中将“纳税人”改为没有特殊指向的“单位和个人”，即不论有无纳税义务均受到申请退税期限的限制，同时可以更好地维护其申请退税的权利。
六是建议统筹协调各税收实体法，更好地体现税收征管法为税收程序法之基本法这一定位。在现行税收实体法中，除增值税等流转税以外，契税、车辆购置税、耕地占用税等都对退税的条件作出了明确规定。这些税收实体法的退税，是否受税收征管法关于退税期限的限制，建议予以统筹明确。
综上，笔者建议将税收征管法第五十一条修改为：“单位和个人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应及时通知其核实情况;单位和个人结算缴纳税款后发现多缴税款的，可以向税务机关要求退还多缴的税款，并加算银行同期存款利息。
“单位和个人申请退还多缴税款的期限为十年，自其知道或者应当知道多缴税款之日起计算;税务机关发现后并通知单位和个人的，自通知送达之日起计算;单位和个人知道或者应当知道多缴税款日期早于税务机关通知送达日期的，自其知道或者应当知道多缴税款之日起计算。
“涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。
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