甲公司2019年1月转让位于市中心商铺一套，合同载明转让价格1000万元，该房系甲公司2011年1月1日购买，已提折旧160万元，发票显示购买价格为400万元，相对应的契税完税凭证显示甲公司缴纳契税12万元，不能取得评估价格，计算该项业务应纳的增值税、土地增值税，以及对企业所得税（税率25%,2019年度盈利，无可弥补的亏损）的影响。
解析：
一、增值税
根据《营业税改征增值税试点有关事项的规定》（财税〔2016〕36号附件2）第一条第八项规定，一般纳税人销售其2016年4月30日前取得（不含自建）的不动产，可以选择适用简易计税方法，以取得的全部价款和价外费用减去该项不动产购置原价或者取得不动产时的作价后的余额为销售额，按照5%的征收率计算应纳税额。因此甲公司该项业务应缴纳增值税（1000-400）÷1.05×5%=28.57（万元）。
二、土地增值税
（一）计税收入
《财政部 国家税务总局关于营改增后契税房产税土地增值税个人所得税计税依据问题的通知》（财税〔2016〕43号）第三条规定：“土地增值税纳税人转让房地产取得的收入为不含增值税收入。”
《国家税务总局关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》（国家税务总局公告2016年第70号）第一条第（一）款规定：“营改增后，纳税人转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税。适用增值税一般计税方法的纳税人，其转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税销项税额；适用简易计税方法的纳税人，其转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税应纳税额。”
按照上述规定，转让该商铺土地增值税
计税收入=1000-28.57=971.43（万元）。
（二）可扣除房产原值
根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》、《财政部 国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔2006〕21号）第二条第一款规定，纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《条例》第六条第（一）、（三）项规定的扣除项目的金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。对纳税人购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除，但不作为加计5%的基数。
国家税务总局公告2016年第70号文件第六条规定：“营改增后，纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第六条第一、三项规定的扣除项目的金额按照下列方法计算：
1.提供的购房凭据为营改增前取得的营业税发票的，按照发票所载金额（不扣减营业税）并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。
2.提供的购房凭据为营改增后取得的增值税普通发票的，按照发票所载价税合计金额从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。
3.提供的购房发票为营改增后取得的增值税专用发票的，按照发票所载不含增值税金额加上不允许抵扣的增值税进项税额之和，并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。”
《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）第七条规定：“《财政部 国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔2006〕21号）第二条第一款规定“纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《条例》第六条第（一）、（三）项规定的扣除项目的金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算”。计算扣除项目时“每年”按购房发票所载日期起至售房发票开具之日止，每满12个月计一年；超过一年，未满12个月但超过6个月的，可以视同为一年。”
该商铺是甲公司于2011年1月1日购买的（营改增前取得的），转让时间是2019年1月，按照上述规定，可扣除房产原值=400+400×8×5%=560（万元）。
（三）与转让房地产相关的税金
1.城建税（7%）、教育附附加（3%）、地方教育附加（2%）合计=28.57×12%=3.43（万元）；
2.购买时缴纳的契税12万元允许扣除；
3.转让时应按产权转移书据缴纳印花税1000×5‱=0.5（万元）允许扣除；
4.假设当地税务机关规定教育费附加可视同税金扣除。与转让房地产有关的税金为3.43+12+0.5=15.93（万元）。
（四）扣除项目金额=可扣除房产原值+与转让房地产有关的税金=560+15.93=575.93（万元）。
（五）增值额=计税收入-扣除项目金额=971.43-575.93=395.5（万元）；
（六）增值率=增值额÷扣除项目金额=395.5÷575.93=68.67%
（七）应缴纳的土地增值税=395.5×40%-575.93×5%=129.40（万元）。
三、企业所得税
根据《中华人民共和国企业所得税法》第六项第三项规定，企业以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入，为收入总额。包括：（三）转让财产收入；第八条规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。因此，甲公司转让商铺影响企业所得税应纳税所得额=收入971.43-成本252-税费133.33=586.10（万元），企业所得税586.10×25%=146.53(万元）。
四、会计处理
1.固定资产转入清理
借：固定资产清理 252
累计折旧 160
贷：固定资产 412
2.实际处置时
借：银行存款 1000
贷：应交税费——简易计税 28.57
固定资产清理 971.43
3.计提税费时
借：固定资产清理 131.33
贷：应交税费——应交土地增值税 129.40
应交税费——应交城市维护建设税 2
应交税费——应交教育费附加 0.86
应交税费——应交地方教育附加 0.57
应交税费——印花税 0.5
4.固定资产清理结转
借：固定资产清理 586.10
贷：资产处置损益 586.10
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